इंडोनेशियातील प्रवाळ खडक, उष्णकटिबंधीय जंगले आणि खारफुटीची परिसंस्था पृथ्वीवरील जैवविविधतेच्या सर्वात मोठ्या केंद्रांपैकी एक आहे. इंडोनेशिया हे प्रवाळ त्रिकोणाच्या केंद्रस्थानी आहे, सागरी जैवविविधतेचे जागतिक केंद्रबिंदू आहे आणि जगातील तिसरे सर्वात मोठे उष्णकटिबंधीय रेनफॉरेस्ट आहे.